南葵文庫（なんきぶんこ）の由来は、紀州徳川家の当主であった徳川頼倫（とくがわ　よりみち, 1872-1925）が麻布飯倉の自邸敷地で運営していた私設図書館です。1902（明治35）年に設立され、1908（明治41）年からは広く一般にも公開されました。

1923（大正12）年の関東大震災で東京帝国大学附属図書館が灰燼に帰したことから、震災発生後のわずか1ヵ月後に徳川頼倫は、図書館復興のため南葵文庫資料の寄贈を決定します。その後、資料は1924（大正13）年7月に当館に寄贈されました。

南葵文庫の資料総点数は約96,000点あり、このうち貴重図書に指定されているものが約300点あります。2020年度から、貴重図書を中心として「東京大学デジタルアーカイブズ構築事業」によるデジタル化を進めています。

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