鶚軒文庫（がっけんぶんこ）は、東京帝国大学医学部教授・土肥慶蔵（どひ　けいぞう, 1866-1931）が収集した蔵書のうち、和漢医学書のコレクションです。土肥慶蔵は皮膚科、泌尿器科分野で大きな功績を残した一方、漢詩文にも親しみ鶚軒（がっけん）と号したことから、この文庫名が付けられました。

土肥慶蔵旧蔵書は第二次世界大戦時期の様々な経緯から分散して遺されており、当館だけでなく国立国会図書館、東京医科歯科大学附属図書館、カリフォルニア大学バークレイ校でも所蔵されています。当館では主に、医学・本草学分野の資料を所蔵しています。和漢医学や医学史関連資料が主流ですが、吉原や遊女に関する資料なども含まれています。

当館では鶚軒文庫のデジタル化を2020年度の「東京大学デジタルアーカイブズ構築事業」により行い、今後も順次実施する予定です。また、国文学研究資料館の「日本語の歴史的典籍の国際共同研究ネットワーク構築計画」において当文庫のデジタル化を行い、国書データベースからも鶚軒文庫の画像を見ることができます。

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